Nuestras raíces se hunden en lo más profundo de la historia guipuzcoana, ya que la andadura de nuestro Centro comenzó en el siglo XVIII con la fundación del Real Seminario de Bergara.

Aún pervive en nosotros el espíritu ilustrado que inspiró a los memorables e influyentes intelectuales de la Real Sociedad Bascongada de Amigos del País, que definía así sus objetivos: "El objeto de esta Sociedad és el de cultivar la inclinación y el gusto de la Nacion Bascongada ácia las Ciencias, Bellas Letras, y Artes : corregir, y pulir sus costumbres : desterrar la ignorancia y sus funestas consecuencias...". Es este espíritu ilustrado, adaptado a las exigencias del mundo actual, el que preside nuestra práctica docente, siendo éstos los principios que guían nuestra labor educativa: cultivar el gusto hacia las Ciencias, las Letras y las Artes; forjar ciudadanos y ciudadanas solidarios, dialogantes y abiertos al mundo; vincularse con la realidad de nuestro entorno inmediato.

Fue en 1873 cuando el ya llamado Instituto Provincial Guipuzcoano fue trasladado a San Sebastián. La ciudad comenzaba una nueva singladura con la planificación del ensanche, tras haber sido nombrada capital de Guipúzcoa y haber sido demolidas las murallas. De esta manera el espíritu cosmopolita, urbano y liberal que caracterizó a la Donostia de finales del siglo XIX y comienzos del XX y que impregnó la práctica docente de nuestros ilustres antecesores, es uno de los rasgos distintivos que más nos caracterizan y que con mayor tesón nos esforzamos en practicar.

Habiendo estado ubicado en el actual Centro Cultural Koldo Mitxelena, fue trasladado hacia 1956 al lugar ocupado hoy día por el Instituto Usandizaga, produciéndose la bifurcación entre el Instituto masculino -Peñaflorida- y el femenino -Usandizaga- el año 1964. La influencia de nuestro centro durante todos esos años es innegable, ya que tuvo una dimensión no sólo local sino provincial, siendo innumerables las generaciones de guipuzcoanos y guipuzcoanas que se formaron en nuestras aulas. El carácter laico, el rigor científico y la dimensión humanística del saber impartido en estos dos centros fueron quizá las aportaciones más señaladas que cabría apuntar durante estos años.

Por último, en 1998 se produjo la reunificación de los dos centros para poder dar una respuesta adecuada a la nueva realidad escolar originada tras la aplicación del nuevo mapa escolar. La conveniencia de impartir toda la enseñanza secundaria con coherencia hizo que el antiguo centro Peñaflorida se destinara a la Enseñanza Secundaria Obligatoria, mientras que en el antiguo centro Usandizaga se ubicaron los diferentes Bachilleratos. Los ciclos formativos se situaron indistintamente en uno u otro.

Los 226 años transcurridos son nuestra principal garantía de calidad, ya que ese espíritu al que nos hemos referido y que hemos recibido como el mejor legado de nuestros antecesores hace que la exigencia diaria se acentúe en esta ininterrumpida labor de servicio educativo a la sociedad.